Jedyny w historii biskup warmiński, który nosił tytuł biskupa olsztyńskiego. Urodził się 18 września 1903 r. w Jasionce k/Parczewa, jako Sym rolnika Stanisława i Bronisławy z Dąbrowskich.

Ukończył szkołę podstawową w Parczewie i gimnazjum w Lublinie. W 1920 r. wstąpił do seminarium duchownego w Lublinie. Przez trzy lata, wraz z późniejszym prymasem Stefanem Wyszyńskim studiował w Rzymie, uzyskując w 1928 r. doktorat z teologii. Podróżował do Francji, Egiptu, Libii, Palestyny, Syrii. W 1932 r. powrócił do Polski i zajął się wykładaniem hebraistyki w lubelskim seminarium duchownym. We wrześniu 1939 r. gestapo aresztowało wszystkich wykładowców seminarium, ks. Wilczyńskiego uratował pobyt na urlopie i nieobecność w Lublinie. 16 listopada 1939 objął parafię w Bełżycach. Po wojnie w 1946 r. został rektorem w lubelskim seminarium. Z poparcia kardynała Wyszyńskiego ks. Wilczyński otrzymał 18 kwietnia 1951 r. nominację z rąk Piusa XII na biskupa Warmii. Komunistyczne władze nie uznały tej nominacji realizując politykę likwidacji organizacji kościelnej na Ziemiach Odzyskanych. Rok później ks. Wilczyński zostaje lubelskim biskupem pomocniczym. W 1956 r. uzyskano wreszcie zgodę na objęcie rządów w diecezji warmińskiej. 16 grudnia 1956 r. odbył się ingres, biskup Wilczyński mógł przyjąć jedynie tytuł biskupa w Olsztynie. Podczas swoich rządów ustanowił 25 parafii i podniósł do rangi kościoła parafialnego 79 dalszych świątyń. W 1959 r. założył Warmińskie Wydawnictwo Diecezjalne, zajmujące się wydawaniem literatury religijnej. Od 1962 r. Wyższe Seminarium Duchowne „Hosianum” rozpoczęło wydawanie „Studiów Warmińskich”. Bp. Wilczyński przywrócił w 1960 r., rozwiązaną jeszcze przez władze pruskie w 1810 r. kapitułę kolegiacką w Dobrym Mieście. W 1961 r. wybudowano w Starych Jabłonkach pierwszy i przez długie lata jedyny nowy kościół w diecezji. Czynnie przeciwstawiał się zarządzeniu władz państwowych o likwidacji kaplic szpitalnych. Był uczestnikiem Soboru Watykańskiego II w 1962 w Rzymie. Biskup Tomasz Wilczyński zmarł na zawał serca w Krynicy Morskiej 5 sierpnia 1965 r. Pochowany został, jako pierwszy z biskupów w olsztyńskim kościele Św. Jakuba.